magento setup: upgrade примерно соответствует n98-magerun sys: setup: запускается в magento 1 в том смысле, что он запускает ваши установочные сценарии, но делает что-то в дополнение к magento 2 начиная с 2.1, если я не ошибаюсь. Он активирует ваши недавно созданные модули. Это нужно будет запустить в режиме разработчика, а также в режиме производства и в режиме по умолчанию. setup: di: compile, с другой стороны, генерирует ваши «автоматически сгенерированные» классы, и его нужно будет запускать только в производственном режиме, поскольку это делается автоматически в режиме разработчика.
Что касается индексации , вам не нужно делать это, если у вас не включены плоские таблицы и вы внесли изменение в одну из сущностей, на которые влияют индексы, например, атрибуты продукта, атрибуты категории, продукты категории и т. Д. Очистка кэша не должна Теоретически нужно запускать, если кэши отключены, но я делаю это все время для проверки работоспособности, имейте в виду, что обновление установки также очищает кэши.
Надеюсь, это ответит на ваш вопрос.