Это может быть очень неприятно, иногда сайт не может обновляться по разным причинам, хотя для лучшей помощи, пожалуйста, включите полную версию, например 2.5.9 или что-то в этом роде. Если вы уже удалили расширения как возможность, то причиной может быть более старая версия Joomla.
Мы видели что-то подобное на наших сайтах раньше, было ли это на общем сервере? Это может произойти даже на чистом сайте на общем сервере, если попадет одна учетная запись на общем сервере, это может поставить под угрозу весь сервер. Вы тоже ничего не можете с этим поделать, у Joomla нет ничего, что могло бы предотвратить такой эксплойт, и это одна из причин, почему общие хосты могут создавать проблемы. Хотя это зависит от хоста, такие как siteground или hostgator довольно хорошо сохраняют свою инфраструктуру нетронутой.
Поэтому я бы порекомендовал выполнить сканирование на наличие вредоносных программ, чтобы увидеть, что оно обнаруживает, скорее всего, если они попадут в вашу базу данных таким образом, им будет введено много файлов. В этом случае лучше всего восстанавливать из резервной копии и обновлять, а затем сканировать вредоносные программы.
Также посмотрите на инструменты администратора от akeeba, у него есть несколько полезных инструментов для защиты вашего сайта.