Лично я считаю, что инструмент выравнивания очень мало интуитивен. Я не могу воспроизвести ваш сценарий, и единственное, что я могу представить для описанного вами поведения, - это если на вашем целевом слое будет много прозрачных деталей, и будет трудно щелкнуть по нему (как в слое с текстом с маленьким шрифтом). ). Однако, повторное нажатие на положение слоя может исправить это - так что я не думаю, что это ваш случай.
В противном случае то, что вы описываете, является просто ошибкой в программе, о которой следует сообщать в инструменте http://bugzilla.gnome.org , чтобы разработчики GIMP могли знать об этом и исправить в предстоящем выпуске.
Однако, если вы детализируете свои варианты использования этого инструмента, я могу попытаться придумать сценарий, который был бы полезен для вас прямо сейчас, кроме инструмента выравнивания. Такой сценарий потребует выбора слоев в диалоге слоев, а не непосредственно на холсте, но это будет работать.