1) Для полной трехмерной ГИС лучше GRASS GIS , посмотрите на скриншоты управления трехмерными данными или от аэрофотоснимков дронов до DEM и ORTHOPHOTO: например, замок Кальдонаццо .
Некоторые примеры (интерактивные: вы можете масштабировать, поворачивать представление и многое другое):
ЦМР с 3D точками:

Драпированный растр на DEM

Геологическая карта с драпировкой с 3D-поверхностями (2 разлома, синий, серый), 3D-трубами (скважины, синий), 3D-линиями (синий) и 3D-точками

2) Вы также можете использовать QGIS и плагин Qgis2threejs (интерактивно: вы можете масштабировать и поворачивать представление):

Драпированный растр на ЦМР с драпированными 2D-полилиниями (черный, красный)
3) и вы также можете использовать Paraview (из GRASS GIS), R и даже, SketchUp (и Google Earth) или Blender ( визуализация данных QGIS с помощью Blender , например) - все решения являются интерактивными.