Допустим, Raster1 является правильным, а Raster2 - тот, который, как вы подозреваете, имеет ошибки.
Они также находятся в одинаковых единицах (поскольку вы говорите, что оба растра являются матрицами высот, значение z должно быть в метрах - я полагаю, что мы правы, и мы сравниваем одни и те же вещи)
Вы можете использовать rast calc из любого пакета (qgis, grass, saga) для сравнения, например:
deviation_rast = abs( (raster1 - raster2) / raster1 * 100 )
каждая ячейка полученного растра будет отображать процент отклонения растра2 от растра1.
После этого вы можете реклассифицировать deviation_rast в зависимости от ваших потребностей: например,
red -> deviation_rast_value > 75
orange -> deviation_rast_value > 50
yellow -> deviation_rast_value > 25
green -> deviation_rast_value > 0
определить проблемные области - и выбрать, хотите ли вы вмешаться или нет