Отредактируйте файл самостоятельно.
Если вы работаете в GNU / Linux, перейдите в /usr/share/qgis/python/plugins/processing/algs/qgis/Difference.py
(в Windows это будет C:\Program Files\QGIS 2.18\apps\qgis\python\plugins\processing\algs\qgis\Difference.py
) и убедитесь, что строка 32 выглядит следующим образом :
from qgis.core import QGis, QgsFeatureRequest, QgsFeature, QgsGeometry, QgsWKBTypes
Если вы не хотите редактировать файл, вы можете просто заменить его, загрузив исправленный файл отсюда (щелкните правой кнопкой мыши по ссылке и выберите Save Link As...
).
Для редактирования или замены файла вам потребуются права администратора. После этого перезапустите QGIS.