Ответы:
Это должно сделать это:
QgsProject.instance().writeEntry(plugin_name, property, value)
Тогда вам просто нужно сохранить проект.
Чтение выполняется с помощью одной из следующих функций:
readEntry (plugin_name, property)
readNumEntry (plugin_name, property)
readDoubleEntry (plugin_name, property)
readBoolEntry (plugin_name, property)