Я считаю, что ArcMap работает медленнее, если вы написали скрипт, который импортирует arcpy.
Вы можете написать скрипт, который может работать в ArcMap, через окно python или как отдельный скрипт python. Если это так, вам придется импортировать arcpy. Однако, если вы сделаете это и запустите его в окне Python, он будет работать медленнее.