Ответы:
Просто введите latexвместо pdflatexна C-c C-cприглашение. TeX-PDF-modeустанавливает TeX-движок на pdflatex автоматически. Команда, которую вы вводите в приглашении, представляет только то, что вы хотите, чтобы emacs делал, т.е. компилировал latex, просматривал pdf-файл viewи так далее. Фактические команды, которые может принять приглашение, указаны в переменной TeX-command-list.
То же самое работает для любого другого движка, скажем, xetex. Вы устанавливаете TeX-engineна xetex и звоните latexв C-c C-cприглашении.