Есть ли средство, которое люди используют для экспорта простого текста в emacs orgmode в рамках своего рабочего процесса исследования, чтобы организовать свои ссылки и аннотации? Я слышал, что zotxt полезен, у кого-нибудь есть мнения по этому поводу или что-то лучше?

Единого инструмента не существует, но есть множество пакетов, которые могут быть полезны, если вы используете Zotero и Emacs рядом друг с другом. Существуют различные онлайн- учебники, в которых обсуждается настройка их комбинаций на вкус отдельного автора.

Вместо того, чтобы повторять это, я попытаюсь дать обзор, поскольку из вашего вопроса не совсем ясно, что вы хотели бы сделать.

«Рабочий процесс исследований»

Во-первых, рассмотрим, что «рабочий процесс исследования», с точки зрения исследовательской литературы, имеет различные этапы, такие как:

1. Добавление библиографических элементов (статей, книг и т. Д.)
2. Редактирование библиографических данных предметов
3. Пометка, группировка и связывание элементов
4. Управление файлами (например, PDF), связанными с элементами
5. Создание заметок на предметах
6. Поиск библиографических данных и заметок
7. Вставка цитат в документы во время написания (ваши собственные документы)
8. Преобразование ссылок в встроенные ссылки, сноски и библиографии для публикации

В «стандартном» Zotero Zotero выполняет от 1 до 6, а плагин текстового процессора Zotero - от 7 до 8.

Я бы предложил сначала подумать, что вы хотите от Emacs, и что вам нравится в Zotero. Вы можете управлять библиографиями и писать научные статьи полностью в Emacs; много людей делают. Вместо базы данных Zotero библиографическая информация сохраняется в файле Bib (La) Tex ( .bib), а цитаты добавляются в файлы LaTeX, org или markdown.

Но, на мой взгляд, у Zotero есть свои сильные стороны - 1-4 (добавление и управление данными) и 6 (очень быстрый и мощный инструмент поиска). Аннотирование (5) является относительно слабым, потому что простой текстовый редактор неудобен, если вы привыкли к Emacs. И если вы пишете свои собственные статьи в Emacs, вам нужно что-то, что выполняет задачи 7 и 8.

Некоторые пакеты

Получение данных в Emacs

Если вы используете Emacs бок о бок с Zotero, Emacs нужен какой-то способ увидеть, что у вас есть в вашей базе данных. Лучший способ сделать это - экспортировать .bibфайл, формат которого Emacs широко поддерживает, из Zotero.

Это можно сделать вручную, но такие пакеты, как zoteloили fork emacs-zotero-bib-fetch, позволят вам быстро обновлять .bibфайл из Emacs. zoteloтребуется Mozrepl, который в настоящее время не поддерживается Firefox Quantum, поэтому я рекомендую использовать emacs-zotero-bib-fetch.

Просмотр данных в emacs

Как только у вас есть .bibфайл, встроенный пакет reftex, а также org-refи helm-bibtexпозволит вам искать ваши библиографические данные. Один или оба из этих последних пакетов, вероятно, будут очень полезны; они выполняют ряд задач из приведенного выше списка, включая средства для создания заметок.

PDF-файлы и аннотирование их

helm-bibtexособенно умен при поиске PDF-файлов, связанных с библиографическими элементами, которые затем можно открыть в Emacs. pdf-toolsявляется отличной альтернативой для просмотра PDF в Emacs. Это позволяет просматривать и создавать аннотации в файле PDF. Если вам нравится использовать файлы PDF таким способом, zotfileрасширение для Zotero может автоматически извлекать аннотации в заметку Zotero.

Файлы заметок

helm-bibtexи org-refпакеты оба имеют средства для добавления примечаний к библиографическим пунктам. Они хранятся как файлы org.

Закончив свои заметки по предмету, я делаю C-c C-e h oэкспорт HTML-версии, копирую и вставляю ее обратно в Zotero как заметку, чтобы ее можно было искать. Я не нашел более подходящего способа сделать это.

Вставка и разрешение цитат во время написания

Это частично зависит от того, какой формат вы пишете (org, reftex, markdown) и частично зависит от того, какой формат вы хотите получить в конце (PDF, HTML).

Опять же, и так helm-bibtexи org-refтак же как reftexпозволяют вставлять цитаты в документы, которые вы пишете любого из этих типов.

Предполагая, что вы пишете в org, есть (пока) стандартный синтаксис цитирования, но org-ref предоставляет его. Другие люди просто используют команды цитирования LaTeX непосредственно в org.

Если ваша основная цель вывода - PDF, то org-modeсобственный экспорт (через LaTeX), вероятно, самый простой маршрут.

Вы упоминаете zotxt; Я не использовал это, но это, кажется, инструмент для разрешения и форматирования цитат в текстовых файлах, включая поддержку pandoc. Pandoc уценка делает имеет стандартный формат цитирование и поддержку для разрешения и форматирования библиографии ( с использованием CSL). Pandoc может быть предпочтительным, если вы хотите экспортировать в основном в несколько форматов (например, HTML, уценка).

Обычно я использую режим организации emacs для организации проектов, задач и идей, но Zotero полезен для хранения ресурсов, таких как PDF-файлы / веб-сайты и т. Д., При исследовании чего-либо. Чтобы объединить их, было бы хорошо иметь возможность связать из режима org местоположение в Zotero, где находится ресурс.

Этот блог описывает способ получения URL Zotero, который работает довольно хорошо:

1. Сохраните файл Zotero Select Item.js в translatorsпапку в вашем каталоге данных Zotero .
2. Перезагрузка Zotero
3. Откройте меню « Правка» -> «Настройки» и выберите вкладку « Экспорт ».
4. Установите формат по умолчанию Zotero Select Item (ближе к концу списка) и нажмите кнопку OK.

Теперь, когда вы просматриваете элемент в Zotero, если вы нажмете Ctrl+Alt+C(или Cmd+Shift+Cна Mac), URL будет скопирован в буфер обмена. Этот URL относится к элементу в Zotero и откроет Zotero для просмотра элемента. URL может быть вставлен в файл режима org (или любой другой вид документа).