Ответы:
Смотрите подробное описание того, что происходит при запуске Emacs, в разделе Сводка запуска руководства Emacs Lisp.
В emacs-startup-hookпробегах позднее after-init-hook.
Одно ключевое отличие заключается в том, что параметры командной строки могут обрабатываться после after-init-hookи перед emacs-startup-hook. (Параметры командной строки обрабатываются в несколько этапов, причем некоторые обрабатываются сразу, а некоторые после загрузки файлов инициализации.)
M-x report-emacs-bug.