Я не думаю, что существует большой риск повреждения данных при температурах оплавления в течение короткого цикла, хотя, возможно, это займет небольшую долю от полезного срока хранения.
Большинство крупных производителей микроконтроллеров будут продавать вам устройства, предварительно запрограммированные с вашей прошивкой - поэтому вполне понятно, что они ожидают, что вы их перепаяете. Я говорю о заранее запрограммированной во флэш, а не в маске ПЗУ, и это можно сделать в скромных количествах.
Также общепринятая практика обратного проектирования заключается в удалении микросхемы флэш-памяти с печатной платы для ее считывания.
Существуют некоторые более экзотические типы энергонезависимой памяти, к которым это определенно не применимо - данные, хранящиеся в оперативной памяти с фазовым переходом , не выживут при переохлаждении, и более старые MRAM IIRC также были восприимчивы, хотя в настоящее время производители MRAM говорят, что это не проблема.