Я не вижу никакой причины, почему вы не можете создать след с накладными накладками сверху и снизу, идущими к разным выводам. Просто укажите отверстие как необработанное. Если вы будете избегать сверления одного из отверстий (сделайте его площадкой SMT), вы сможете избежать всех ошибок DRC с небольшим суетой (в противном случае может возникнуть жалоба на то, что два просверленных отверстия имеют недостаточный зазор).
Altium определенно понимает, что накладки друг на друга, разделенные незаполненным отверстием, не соединены.
Редактировать: Кажется, это понимают только тогда, когда отверстие без покрытия является частью одного пэда. В противном случае он думает, что они связаны, даже с ненарезанным отверстием.
Я попытался сделать это с помощью простой накладки сверху и многослойного слоя снизу, без отверстия и площадки для колодки, отредактированных так, чтобы медь была только снизу, и в проверке DRC все еще есть ошибка короткого замыкания, несмотря на незакрытое отверстие. Трехмерное изображение показывает, что меди там нет, поэтому Altium DRC не подхватывает его.