Когда вы удаляете модуль, вы должны сначала отключить его в админке модуля Drupal. Затем вы должны удалить его через вкладку «Удалить» там.
То же самое касается тем, сначала отключите их в админке тем.
Например, если вы удалите папку модуля в файловой системе, не отключая модуль, Drupal продолжит поиск модуля в файловой системе, что может привести, среди прочих ошибок, к проблеме, с которой вы столкнулись.
См. Также: Избегайте повторного сканирования каталога модулей при отсутствии нескольких модулей.
В ответ на комментарий MPD, вам нужно будет сделать что-то вроде
SELECT name, filename FROM system WHERE status = 1;
и сопоставьте это с модулями в вашей файловой системе. Все включенные модули и темы тоже должны присутствовать.
Также здесь есть функция (немного адаптированная) Martin_Dresden:
https://drupal.org/node/1080330#comment-6520842
function MYMODULE_init() {
$startingtime = microtime(true);
$o = '<p>Checking for dead modules ...</p>';
$result = db_select('system')
->fields('system', array('filename'))
->condition('status', '1', '=')
->execute();
$n = 1;
$m = 0;
foreach ($result as $row) {
$path = DRUPAL_ROOT.'/'.$row->filename;
If (!file_exists($path)) {
$o .= "#$n $path<br>";
$m++;
}
$n++;
}
$timedif = round(microtime(true) - $startingtime,3);
$o .= "Total of $n active modules registered in database. $m dead entries found.<br>";
$o .= 'Query Time: '.$timedif.' seconds';
drupal_set_message($o);
}
Это может помочь отладить.