Я перепробовал их все для предстоящего проекта. И, как я понимаю, используйте Relation, только если вы имеете дело со сложными отношениями, а не ссылками один на один. Если вам нужна базовая ссылка, я бы пошел за ссылками или ссылками на сущности.
Я думаю, что последнее обновление, касающееся виджета для Relation, заключается в том, что они отбросят эту идею и рассматривают Relation как модуль только для API. Но кто знает?
Одно замечание, если вы хотите использовать entityreference и field_collection вместе - это ошибка. Просто к вашему сведению.