Ответы:
Несмотря на его инструкции не использовать его для добавления JS на каждую страницу, hook_init()вы сможете добавлять JS более изощренным способом drupal_add_js().
Тем не менее, JS-файл редко загружается на КАЖДУЮ страницу, поэтому, вероятно, вы сможете оптимизировать его. Также см. Свойство FAPI #attachedдля добавления JS в форму.