Ответы:
Другими общими настройками тайм-аута (не только для блокировок, поскольку innodb_lock_wait_timeout применяется только к блокировкам строк InnoDB) могут быть wait_timeout и interactive_timeout (оба по умолчанию составляют 28 800)
По умолчанию это 50 секунд
Просто установите innodb_lock_wait_timeout по мере необходимости.
Если вы превышаете 50-секундный тайм-аут InnoDB, у вас плохо спроектированное приложение!
Этот тайм-аут существует, чтобы ловить непослушные вещи, которые нельзя поймать другим способом.