Да, вы абсолютно МОЖЕТЕ подключиться к экземпляру SQL Server 2000, используя SSMS 2012 в качестве клиента. Я делаю это каждый день, так как у меня еще есть 5 экземпляров SQL Server 2000 в моей среде, которыми я управляю. Однако имейте в виду, что SSMS предоставит вам некоторые опции, основанные на функциях, доступных в используемой версии SSMS, и вы не сможете выполнять эти функции из SSMS из-за различий в командах между версиями.
И есть некоторые вещи, которые просто не нравятся SQL 2k из SSMS. Например, если вы используете графический интерфейс для управления разрешениями для роли базы данных, будьте готовы к сбоям SSMS при некоторых обстоятельствах. По этой причине всегда полезно держать под рукой копию SQL 2000 Enterprise Manager.