Теоретическое изучение теории автоматов и формальных языков является своего рода умирающим (имеется в виду, что вы, вероятно, все еще можете найти интересные исследовательские задачи для работы, но опубликовать их на конференциях на высшем уровне и убедить кого-то нанять вас по окончании обучения может оказаться проблематичным) , Тем не менее, я полагаю, что также проводится интересная работа по применению теории формального языка к обнаружению интернет-угроз / вторжений и т. Д., И эта область сейчас кажется гораздо более горячей.
См. Например
Вагнер и Дин, Обнаружение вторжений с помощью статического анализа, IEEE Symp. Безопасность и конфиденциальность 2001
Вагнер и Сото, Mimicry атаки на хост-системы обнаружения вторжений, ACM Conf. Компьютер и безопасность связи 2002
Гиффин, Джа и Миллер, Эффективное контекстно-зависимое обнаружение вторжений, NDSS 2004
Фенг и др., Формализация чувствительности в статическом анализе для обнаружения вторжений, IEEE Symposium on Security and Privacy 2004