Некоторые проблемы в области вычислительной биологии кажутся подходящими для практических приложений, которые не являются искусственными - или, по крайней мере, не такими искусственными, как проблемы, упомянутые Юккой Суомела.
Например, люди часто упоминают работу Ф. Абу-Хзама, Р. Коллинза, М. Феллоуза, М. Лэнгстона, В. Сутерса С. Саймонса, Алгоритмы кернелизации для проблемы покрытия вершин: теория и эксперименты , материалы шестого Семинар по разработке алгоритмов и экспериментам (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Прикладная математика 115, 2004.
Как утверждают авторы: «Одно из применений, к которому мы применили наши методы, включает в себя поиск филогенетических деревьев на основе информации о доменных доменах ...» (раздел 8 вышеупомянутой статьи).
Подгруппа авторов имеет аналогичные статьи по этой теме, см., Например, Фейсал Н. Абу-Хзам, Майкл А. Лэнгстон, Пушкар Шанбхаг и Кристофер Т. Саймонс, Масштабируемые параллельные алгоритмы для задач FPT , Algorithmica, том 45, номер 3 269-284.
Я не уверен, были ли экземпляры, использованные в экспериментах, настоящими или искусственными, но я надеюсь, что эти две ссылки дадут вам хорошую отправную точку.