Текст в ДНК гольф

Вызов

Преобразование ввода в вывод ДНК.

Алгоритм

• Преобразование текста в кодовые точки ASCII (например, codegolf-> [99, 111, 100, 101, 103, 111, 108, 102])
• Строка кодов ASCII вместе (например 99111100101103111108102)
• Преобразовать в двоичный файл (например 10100111111001101001011010001000011001101011011110000110010111111011000000110)
• Вставьте 0в конец, чтобы сделать четное количество символов (например 101001111110011010010110100010000110011010110111100001100101111110110000001100)
• Заменить 00на A, 01с C, 10с Gи 11на T(например GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA)
• Выход

Тестовые случаи

codegolf > GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA
ppcg > GGCTAATTGTCGCACTT
} > TTGG (padding)

Характеристики

• Это код-гольф
• Ваша программа должна принимать пробелы во входных данных.
• Ваша программа должна работать для codegolf.

Желе , 15 13 байт

OVBs2UḄị“GCTA

Попробуйте онлайн! или проверьте все контрольные примеры .

Как это работает

OVBs2UḄị“GCTA    Main link. Argument: s (string)

O                Ordinal; replace each character with its code point.
 V               Eval. This converts the list to a string before evaluating, so it
                 returns the integer that results of concatenating all the digits.
  B              Binary; convert from integer to base 2.
   s2            Split into chunks of length 2.
     U           Upend; reverse the digits of each chunk.
                 Reversing means that we would have to conditionally PREPEND a zero
                 to the last chunk, which makes no difference for base conversion.
      Ḅ          Unbinary; convert each chunk from base 2 to integer.
                 `UḄ' maps:
                     [0, 1   ] -> [1,    0] -> 2
                     [1, 0(?)] -> [0(?), 1] -> 1
                     [1, 1   ] -> [1,    1] -> 3
                     [0, 0(?)] -> [0(?), 0] -> 0
       ị“GCTA    Replace each number by the character at that index.
                 Indexing is 1-based, so the indices are [1, 2, 3, 0].

CJam, 24 23 байта

Спасибо Деннису за то, что он сэкономил 1 байт действительно умным способом :)

l:isi2b2/Wf%2fb"AGCT"f=

Проверьте это здесь.

объяснение

Очень прямая реализация спецификации. Единственный интересный бит - это добавление к четному числу нулей (что на самом деле было идеей Денниса). Вместо того, чтобы обрабатывать цифры в каждой паре в обычном порядке, мы делаем второй бит самым значимым. Это означает, что окончание одним битом идентично добавлению к нему нуля, что означает, что нам вообще не нужно добавлять ноль.

l          e# Read input.
:i         e# Convert to character codes.
si         e# Convert to flat string and back to integer.
2b         e# Convert to binary.
2/         e# Split into pairs.
Wf%        e# Reverse each pair.
2fb        e# Convert each pair back from binary, to get a value in [0 1 2 3].
"AGCT"f=   e# Select corresponding letter for each number.

Python 2, 109 103 байта

lambda s,j=''.join:j('ACGT'[int(j(t),2)]for t in
zip(*[iter(bin(int(j(`ord(c)`for c in s))*2)[2:])]*2))

Проверьте это на Ideone .

Рубин, 59 байт

$_='%b0'.%$_.bytes*''
gsub(/../){:ACGT[$&.hex%7]}
chomp'0'

Полная программа. Беги с -pфлагом.

Python 3, 130 байт.

Сохранено 2 байта благодаря vaultah.
Спасено 6 байтов благодаря Кевину Лау, а не Кенни.

Ненавижу, как трудно преобразовать двоичный код в Python.

def f(x):c=bin(int(''.join(map(str,map(ord,x)))))[2:];return''.join('ACGT'[int(z+y,2)]for z,y in zip(*[iter(c+'0'*(len(c)%2))]*2))

Тестовые случаи:

assert f('codegolf') == 'GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA'
assert f('ppcg') == 'GGCTAATTGTCGCACTT'

Рубин, 80 байтов

->s{s=s.bytes.join.to_i.to_s 2;s+=?0*(s.size%2)
s.gsub(/../){"ACGT"[$&.to_i 2]}}

Mathematica, 108 байт

{"A","C","G","T"}[[IntegerDigits[Mod[Floor@Log2@#,2,1]#&@FromDigits[""<>ToString/@ToCharacterCode@#],4]+1]]&

Принимает строку в качестве входных данных и выводит список баз.

Python 3, 126 байт

lambda v:"".join(["ACGT"[int(x,2)]for x in map(''.join,zip(*[iter((bin(int("".join([str(ord(i))for i in v])))+"0")[2:])]*2))])

Pyth, 25 байт

sm@"ACGT"id2Pc.B*4sjkCMQ2

Попробуй это здесь!

объяснение

Прорываем трюк с отступами от ответа Martins CJam .

sm @ "ACGT" id2Pc.B * 4sjkCMQ2 # Q = ввод

                     CMQ # Сопоставить каждый символ Q с его кодом
                  sjk # Объединить в одну строку и преобразовать в целое число
              .B * 4 # Mulitply с 4 и преобразовать в двоичный
             c 2 # Разделить на пары
            P # сбросить последнюю пару
 m # Отобразить каждую пару d
         id2 # Конвертировать пару из двоичной в десятичную
  @ "ACGT" # Использовать результат ^ в качестве индекса в строке поиска
s # Присоединить полученный список в строку

05AB1E , 23 байта

Код:

SÇJb00«2÷¨C3210"TGCA"‡á

Использует кодировку CP-1252 . Попробуйте онлайн! ,

Ява, 194 байта

String a(int[]a){String s="",r=s;for(int i:a)s+=i;s=new BigInteger(s).toString(2)+0;for(int i=0,y,n=48;i<(s.length()/2)*2;r+=s.charAt(i++)==n?y==n?'A':'G':y==n?'C':'T')y=s.charAt(i++);return r;}

Ungolfed

String a(int[] a) {
    String s = "", r = s;
    for (int i : a) s += i;
    s = new BigInteger(s).toString(2) + 0;
    for (int i = 0, y, n = 48; i < (s.length() / 2) * 2; 
        r += s.charAt(i++) == n 
                 ? y == n 
                 ? 'A' 
                 : 'G' 
                 : y == n 
                 ? 'C' 
                 : 'T')
        y = s.charAt(i++);
    return r;
}

Заметка

• Ввод - это массив символов (который должен учитываться как форма String), параметр имеет тип, int[]потому что это один байт, сохраненный заново char[].

Выход

Input:  codegolf
Output: GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA

Input:  .
Output: GTG

Input:  }
Output: TTGG

Input:  wow
Output: TGATAGTTGTGCTG

Input:  programming puzzles
Output: GTGTCAGAGTTGAAGGCCGTTCCGCAGTGCATTTGGCTCGTCTGGTGTCTACTAGCCTGCGAGAGGAGTTACTTTGGATCCTTGACTTGT

MATL , 21 байт

'CGTA'joV4Y2HZa2e!XB)

Попробуйте онлайн!

объяснение

'CGTA'   % Push string to be indexed into
j        % Take input string
o        % Convert each char to its ASCII code
V        % Convert to string (*). Numbers are separated by spaces
4Y2      % Push the string '0123456789'
H        % Push number 2
Za       % Convert string (*) from base '0123456789' to base 2, ignoring spaces
2e       % Reshape into a 2-column matrix, padding with a trailing 0 if needed
!        % Transpose
XB       % Convert from binary to decimal
)        % Index into string with the DNA letters. Indexing is 1-based and modular

Pyth , 23 байта

sm@"AGCT"i_d2c.BsjkCMQ2

Попробуйте онлайн!

объяснение

Заимствуя трюк у желе Денниса, ответь .

sm@"AGCT"i_d2c.BsjkCMQ2
                   CMQ   convert each character to its byte value
                sjk      convert to a string and then to integer
              .B         convert to binary
             c        2  chop into pairs
 m         d             for each pair:
          _                  reverse it
         i  2                convert from binary to integer
  @"AGCT"                    find its position in "AGCT"
s                        join the string

Groovy, 114 байт

{s->'ACGT'[(new BigInteger(((Byte[])s).join())*2).toString(2).toList().collate(2)*.with{0.parseInt(it.join(),2)}]}

Объяснение:

{s->
    'ACGT'[ //access character from string
        (new BigInteger( //create Big Integer from string
           ((Byte[])s).join() //split string to bytes and then join to string
        ) * 2) //multiply by 2 to add 0 at the end in binary
        .toString(2) //change to binary string
        .toList() //split to characters
        .collate(2) //group characters by two
        *.with{
            0.parseInt(it.join(),2) //join every group and parse to decimal
        }
     ]
}

Юлия 0,4, 77 байт

s->replace(bin(BigInt(join(int(s)))),r"..?",t->"AGCT"[1+int("0b"reverse(t))])

Эта анонимная функция принимает массив символов в качестве входных данных и возвращает строку.

Попробуйте онлайн!

Python 2.7, 135 байт

def f(A):g=''.join;B=bin(int(g(map(str,map(ord,A)))))[2:];B+=len(B)%2*'0';return g('ACGT'[int(B[i:i+2],2)] for i in range(len(B))[::2])

Ungolfed:

def f(A):
    g = ''.join
    B = bin(int(g(map(str,map(ord,A)))))[2:] # convert string input to binary
    B += len(B)%2 * '0' # add extra 0 if necessary
    return g('ACGT'[int(B[i:i+2],2)] for i in range(len(B))[::2]) # map every two characters into 'ACGT'

Выход

f('codegolf')
'GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA'

Javascript ES7, 105 103 байта

s=>((+[for(c of s)c.charCodeAt()].join``).toString(2)+'0').match(/../g).map(x=>"ACGT"['0b'+x-0]).join``

Часть ES7 является for(c of s)частью.

Версия ES6, 107 105 байт

s=>((+[...s].map(c=>c.charCodeAt()).join``).toString(2)+'0').match(/../g).map(x=>"ACGT"['0b'+x-0]).join``

Код без правил

dna = (str)=>{
  var codes = +[for(c of str)c.charCodeAt()].join``;
  var binaries = (codes.toString(2)+'0').match(/../g);
  return binaries.map(x=>"ACGT"['0b'+x-0]).join``
}

Это моя первая попытка игры в гольф на PPCG, не стесняйтесь поправлять меня, если что-то не так.

Спасибо @AlexA за небольшое улучшение.

J, 52 байта

 3 :'''ACGT''{~#._2,\#:".,&''x''":(,&:(":"0))/3&u:y'

Использование: 3 :'''ACGT''{~#._2,\#:".,&''x''":(,&:(":"0))/3&u:y' 'codegolf'==>GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA

Common Lisp (Lispworks), 415 байт

(defun f(s)(labels((p(e f)(concatenate'string e f)))(let((b"")(d""))(dotimes(i(length s))(setf b(p b(write-to-string(char-int(elt s i))))))(setf b(write-to-string(parse-integer b):base 2))(if(oddp #1=(length b))(setf b(p b"0")))(do((j 0(+ j 2)))((= j #1#)d)(let((c(subseq b j(+ j 2))))(cond((#2=string="00"c)(setf d(p d"A")))((#2#"01"c)(setf d(p d"C")))((#2#"10"c)(setf d(p d"G")))((#2#"11"c)(setf d(p d"T")))))))))

ungolfed:

(defun f (s)
  (labels ((p (e f)
             (concatenate 'string e f)))
  (let ((b "") (d ""))
    (dotimes (i (length s))
      (setf b
            (p b
               (write-to-string
                (char-int (elt s i))))))
    (setf b (write-to-string (parse-integer b) :base 2))
    (if (oddp #1=(length b))
        (setf b (p b "0")))
      (do ((j 0 (+ j 2)))
          ((= j #1#) d)
        (let ((c (subseq b j (+ j 2))))
          (cond ((#2=string=  "00" c)
                 (setf d (p d "A")))
                ((#2# "01" c)
                 (setf d (p d "C")))
                ((#2# "10" c)
                 (setf d (p d "G")))
                ((#2# "11" c)
                 (setf d (p d "T")))))))))

Использование:

CL-USER 2060 > (f "}")
"TTGG"

CL-USER 2061 > (f "golf")
"TAAAAATTATCCATAAATA"

Perl 155 148 137 + 1 ( -pфлаг) = 138 байт

#!perl -p
s/./ord$&/sge;while($_){/.$/;$s=$&%2 .$s;$t=$v="";$t.=$v+$_/2|0,$v=$_%2*5
for/./g;s/^0// if$_=$t}$_=$s;s/(.)(.)?/([A,C],[G,T])[$1][$2]/ge

Проверьте это на Ideone .

Perl 6, 57 + 1 ( -pфлаг) = 58 байт

$_=(+[~] .ords).base(2);s:g/..?/{<A G C T>[:2($/.flip)]}/

Пошаговое объяснение:

-pфлаг заставляет интерпретатор Perl 6 запускать код построчно, ставить текущую строку $_и в конце возвращать ее из $_.

.ords- Если до периода ничего не происходит, вызывается метод $_. ordsМетод возвращает список кодовых точек в строке.

[~]- []это оператор сокращения, который хранит свой оператор сокращения в скобках. В данном случае это ~оператор объединения строк. Например, [~] 1, 2, 3эквивалентно 1 ~ 2 ~ 3.

+преобразует свой аргумент в число, необходимое, потому что baseметод определен только для целых чисел.

.base(2) - преобразует целое число в строку в базе 2

$_=- присваивает результат $_.

s:g/..?/{...}/- это регулярное выражение, заменяющее любой (в :gглобальном режиме) экземпляр регулярного выражения ..?(один или два символа). Второй аргумент - шаблон замены, который в данном случае в коде (в Perl 6 фигурные скобки в строках и шаблоны замены выполняются как код).

$/ - переменная соответствия регулярному выражению

.flip- инвертирует строку. Он неявно преобразует $/(объект соответствия регулярному выражению) в строку. Это потому, что один символ 1должен быть расширен до 10, в отличие от 01. Из-за этого переворота порядок элементов в массиве имеет G и C в обратном порядке.

:2(...) - разбирает строку base-2 на целое число.

<A G C T> - массив из четырех элементов.

...[...] оператор доступа к массиву.

Что это значит? Программа получает список всех кодовых точек в строке, объединяет их вместе, преобразует их в базу 2. Затем она заменяет все вхождения двух или одного символа на одну из букв A, G, C, T в зависимости от перевернутого представления числа. в двоичном

Хун , 148 138 байт

|*
*
=+
(scan (reel +< |=({a/@ b/tape} (weld <a> b))) dem)
`tape`(flop (turn (rip 1 (mul - +((mod (met 0 -) 2)))) |=(@ (snag +< "ACGT"))))

«abc» - это список атомов. Интерполируйте их в strings ( <a>) при свертывании по списку, объединяя их в новую строку. Разобрать число с помощью, ++demчтобы вернуть его в атом.

Умножьте число на (битовая длина + 1)% 2, чтобы дополнить его. Используется ++ripдля дизассемблирования каждой двухбайтовой пары атома в список, сопоставления со списком и использования числа в качестве индекса в строке «ACGT».

> =a |*
  *
  =+
  (scan (reel +< |=({a/@ b/tape} (weld <a> b))) dem)
  `tape`(flop (turn (rip 1 (mul - +((mod (met 0 -) 2)))) |=(@ (snag +< "ACGT"))))
> (a "codegolf")
"GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA"
> (a "ppcg")
"GGCTAATTGTCGCACTT"
> (a "}")
"TTGG"