Параметр назывался «Подтвердить перед закрытием нескольких вкладок или окон», но он был удален в 10.7, когда было введено «Возобновить». defaults write com.apple.Safari ConfirmClosingMultiplePages -bool trueбольше не работает.
Часть «Возобновить», в которой состояние приложения сохраняется после выхода, была отключена по умолчанию в 10.8, но вы можете включить его из общей панели настроек:

Вы также можете включить его только в Safari, запустив, defaults write com.apple.Safari NSQuitAlwaysKeepsWindows -bool trueвыйдя и снова открыв Safari.
Safari все равно перезагрузит вкладки после их восстановления. А восстановление состояния работало для меня примерно в половине случаев с Safari 6 или 10.8.
Вы также можете изменить ярлык для выхода из Safari:

Или полностью отключите некоторые из ярлыков:
defaults write com.apple.Safari NSUserKeyEquivalents -dict 'Quit Safari' '\0' 'Close Window' '\0' 'Close All Windows' '\0'