Инструменты командной строки устанавливаются, как и другие пакеты OS X, поэтому вам может потребоваться удалить файл квитанции из базы данных квитанций (что раньше было тривиально, поскольку вы могли удалить файл из / Library / Receipts, но теперь это более сложно и требует небольшая статья в базе данных квитанций).
Вместо того, чтобы возиться с этим, почему бы просто не загрузить автономный установщик и подождать, пока новая версия Xcode не очистит вашу базу данных квитанций?
Этот URL-адрес довольно открыт (даже поисковые системы могут его проиндексировать), но вам может потребоваться создать бесплатную учетную запись разработчика Safari или Mac для входа в систему и получения этого пакета.
Если бы это случилось со мной, я бы просто изменил свой Time Machine, чтобы исключить системные файлы, а затем установил новую ОС на резервный том. Я сделал бы ненужного администратора, которого я удалю, и использую его для установки Xcode и инструментов командной строки, а затем, наконец, восстановлю из Time Machine. Пока все работает, я буду клонировать это на свой основной диск или повторять процесс стирания / переустановки - в зависимости от того, что проще для вас.