Я считаю, что стандартное поведение Safari - открывать ссылку в самом старом открытом окне. Минимизированные окна, как правило, стареют, поэтому раздражение Safari вызывает минимизированные окна при открытии ссылки из другого приложения.
Вы можете легко проверить это. Подождите, пока это произойдет. Затем заново сверните окно. Поведение должно повторяться бесконечно. Затем скопируйте URL-адрес окна, которое вы хотите свернуть, и закройте это окно. Откройте новое окно, вставьте URL, нажмите return и сверните его. Затем откройте внешнюю ссылку, и она больше не будет переходить в это окно.
Конечно, это не помогает - это просто объясняет поведение. Единственное, что может в конечном итоге помочь, - это заполнить отчет об ошибке:
http://www.apple.com/feedback/safari.html