В настройках Skim есть опция «Автоматически сохранять резервные копии заметок Skim», которую я настоятельно рекомендую вам включить. Это создает файл .skim рядом с PDF. Skim все еще сохраняет аннотации к расширенным атрибутам, но я видел, что они пропадали после синхронизации с Dropbox. Это не должно, но это так. Поэтому я всегда сохраняю резервную копию заметок в сопутствующем файле .skim.
Большое преимущество Skim по сравнению с Preview и другими приложениями для аннотирования в формате PDF - это быстрое сохранение. Это возможно только потому, что Skim хранит аннотации отдельно от содержимого PDF. Формат PDF таков, что добавление аннотации на страницу PDF требует перезаписи всего PDF обратно на диск, что может быть довольно медленным. Skim элегантно избегает этого недостатка, потому что он не переписывает PDF, только расширенные атрибуты.
Итак, включите опцию резервного копирования и продолжайте использовать CMD S в Skim для сохранения вашей работы. Если расширенные атрибуты будут удалены, тогда, когда вы запустите PDF в Skim, он обнаружит файл .skim и предложит загрузить его, и вы сможете продолжить свою работу.
Бонусный совет: DevonThink изначально поддерживает аннотации Skim. Таким образом, если он находит файл .skim или расширенные атрибуты для файла PDF, который вы просматриваете в DevonThink, он также покажет аннотации. Это позволяет избежать необходимости экспортировать PDF-файл со встроенными заметками из Skim, который необходим другим приложениям для просмотра комментариев, сделанных в Skim. (Skim предоставляет бесплатный SDK для своего формата аннотаций, поэтому другие программы просмотра PDF также должны поддерживать аннотации skim.)