Хорошо, проблема здесь выглядит так, как будто это были права доступа к файлу, в котором хранится содержимое моего дока.
По-видимому, использование TinkerTool для предотвращения изменений в доке устанавливает права доступа к этому файлу и не изменяет их обратно, когда я отключаю эту функцию.
Я открою вопрос на superuser.com о том, какими должны быть правильные права доступа.
В основном это исправлено:
sudo chmod 777 ~/Library/Preferences/com.apple.dock.plist
killall Finder
Но мне не нравятся предпочтения 777.
Отредактировано : хорошо, оказывается, что это делает TinkerTool. Чтобы предотвратить случайное удаление вещей из док-станции, что я обычно делал для начала, я использовал TinkerTool, чтобы отключить модификации в док-станции. Это изменяет права доступа к этому файлу. Однако, если я отключу эту функцию, что я и сделал, права доступа не изменятся обратно на те, что были раньше. Таким образом, после изменения прав доступа, указанных выше, перезапуска искателя, удаления элементов и последующей блокировки док-станции с помощью TinkerTool, изменения остались.