После включения FileVault в El Capitan раздел зашифровывается при первом проходе. После завершения этой фазы начинается вторая фаза оптимизации, которая занимает значительно больше времени, чем первая фаза шифрования. Этап оптимизации не присутствовал при первом появлении FileVault 2 (OS X Lion). Тогда фаза шифрования заняла столько же времени. Так что же это за оптимизация?
Моя система - MBP середины 2014 года с SSD 1 ТБ. Первый этап был сделан примерно за 12 часов. 2-я фаза оптимизации теперь на 20 часах и считается.