Я тоже предпочитаю, чтобы Mail.app не отмечал следующее сообщение как прочитанное. Я также использую Yosemite. Единственный способ, которым я знаю, чтобы сделать это, это скрыть средство просмотра сообщений:
Mail => Настройки => Просмотр вкладки => выберите «Использовать классическую раскладку»
Теперь окно «Почта» показывает только список почтовых ящиков слева (что необязательно) и сообщения в текущем почтовом ящике справа. (Может потребоваться перетащить разделитель между панелью списка сообщений и панелью просмотра сообщений до самого конца окна.) Чтобы просмотреть сообщение, дважды щелкните его в представлении списка, и оно откроется в отдельном окне. , Оттуда вы можете закрыть, ответить, переслать, пометить или удалить его. Если вы удалите его, следующее сообщение в списке будет выделено, но не помечено как прочитанное, пока вы его не откроете.
Надеюсь это поможет.