Я могу вам сказать, это довольно сложно сделать самому.
Если вы хотите заменить системные значки, такие как папки, они находятся здесь:
/System/Library/CoreServices/CoreTypes.bundle/Contents/Resources/
Если вы хотите заменить значки для приложений в / Applications, это должно быть сделано индивидуально. Как правило:
/Applications/AppName.app/Contents/Resources/AppName.icns
После замены новый значок не будет отображаться, пока кэш иконок не будет сброшен. В Mavericks сброс LaunchServices обновил бы значок, но в Yosemite со времени, которое я провел с ним, «iconcache» должен быть удален.
https://gist.github.com/fabiofl/5873100
В общем, это требует терпения.