Вы можете удалить его, но, по моему опыту, вы в конечном итоге захотите его снова, и даже будучи разработчиком яблока, вы можете потерять доступ к нему в будущем при обновлении xCode.
Это не имеет большого значения, если вы не планируете поддерживать свои старые приложения, вы всегда будете обновлять их и перемещать в новые версии xCode по мере их выхода, но переход с xCode 3 на 4 был трудным для многих разработчиков и даже сейчас некоторое программное обеспечение разработано в xCode 3 для поддержки разработки дисков ядра для OS X 10.4, которая больше не полностью поддерживается в xCode 4.
Как правило, ваш лучший вариант - хранить это установочное приложение там, где вы сможете найти его позже. Он не обязательно должен быть постоянно установлен на вашем Mac, но вам может понадобиться его в будущем, если вы что-то разрабатываете в нем, возможно, придется обновить его позже.