Да, вы потеряете свои обновления вместе с любым другим установленным приложением, которое не входит в комплект поставки. Но вы сможете повторно обновить приложения через Google Play, и вы не потеряете совершенные вами покупки (они навсегда сохраняются в облаке Google).
Я не уверен, почему вы беспокоитесь об этом, хотя. Я понимаю, что не хочу терять ваши настройки и данные, но единственным недостатком потери обновлений приложения является время и пропускная способность, необходимые для их последующего обновления.
Изменить: Вы, вероятно, спрашиваете об обновлениях ОС. Ваш телефон не сохраняет оригинальный образ ОС. Таким образом, как только вы обновите свою ОС (либо с помощью обновлений OTA, либо установив пользовательский Rom), вы не сможете вернуться к более старой версии Android. Восстановление заводских настроек должно привести к сбросу настроек телефона на новую версию Android.