На телефоне без рута приложения запускаются как отдельные пользователи и не имеют доступа ни к каким файлам, созданным другими пользователями, или к системным файлам, то есть они находятся в «песочнице». Поскольку они не могут вносить такие изменения, я бы сказал, что единственное, что они могут оставить, - это небольшой мусор на вашей SD-карте.
На рутированном телефоне приложение, которому был предоставлен root-доступ, может делать практически все, что возможно в оборудовании. Приложения с правами root могут записывать на носители не только для чтения (включая изменение загрузчика), изменять личные данные других программ, изменять системные настройки, системные файлы и т. Д. Укоренившееся приложение также может скрываться от системы, и делать вид, что его удаляют, оставаясь при этом совершенно здоровым и живым.
По сути, рутированные приложения могут делать все, что позволяет оборудование
Обновлено, чтобы включить информацию Ли Райана о корневых приложениях.