Другие ответы верны, но не указывают на пару отличий:
права доступа
Системным приложениям предоставляется возможность запрашивать определенные системные разрешения, которые никогда не доступны для пользовательских приложений. Это не то же самое, что права root / sudo / su.
Один пример, который я знаю и использую ежедневно, - это возможность сброса счетчика уведомлений о пропущенных вызовах. У меня есть Go Dialer, который является заменой стандартного дозвона и контактного приложения (как вы делаете телефонные звонки). Когда я пропускаю звонок, android сообщает мне об этом с уведомлением. Однако Go Dialer не разрешено сбрасывать этот счетчик, даже если он запрашивает это разрешение при установке приложения. Android 2.2 и более ранние версии позволяли пользовательским приложениям сбросить настройки, но сделали это разрешение доступным только для системы, разрешение для Android 2.3
Переместив мое приложение Go Dialer в системный раздел, можно сбросить этот счетчик. Root не требуется для приложения (за исключением, конечно, фактического перемещения приложения в системный раздел).
Другое системное разрешение - возможность установить текущее местоположение GPS. Теперь у Android есть предпочтение, в котором вы можете разрешить фиктивные местоположения, поэтому любое приложение для подмены GPS может объявить местоположение GPS. Но если приложение находится в системном разделе, фиктивные местоположения могут быть отключены, в то же время позволяя приложению подделать местоположение GPS.
Обновления
Системные приложения могут быть обновлены так же, как пользовательские приложения, но обновление никогда не интегрируется в исходный диск. То есть системные приложения имеют уникальную возможность откатиться до версии, существовавшей при первой установке rom.
Переместить на SD
Android позволяет пользователям перемещать userприложения из внутренней памяти на SD-карту. Системные приложения не могут быть перемещены и всегда занимают некоторое внутреннее пространство. Большинство (всех?) Устройств, тем не менее, имеют внутренние пользовательские приложения в другом разделе, поэтому удаление системного приложения не даст вам больше места для пользовательского приложения (кроме удаляемого dalvik-кэша).
Вы освободите место, если удалите обновления для системного приложения. Как уже отмечалось, обновления не интегрированы с ROM и, таким образом, хранятся в пользовательском пространстве. Обновления также не могут перемещаться на SD-карту, но в случае удаления пространство пользователя восстанавливается.
Как это влияет на тебя
Если вы обычный пользователь Android, вы, скорее всего, не столкнетесь со сценариями, в которых система против пользовательского приложения будет иметь значение. Если вы опытный пользователь, у вас, скорее всего, есть пользователь root и вы можете изменить системное приложение на пользователя (и наоборот), если вы когда-нибудь столкнетесь с одной из этих ситуаций.