Есть похожий вопрос, который охватывает некоторые из них: Угрозы безопасности рутирования вашего андроид смартфона . Однако, поскольку это не объясняет, как вы управляете доступом к пользователю root, я остановлюсь на этом здесь.
Когда вы рутируете свое устройство, вы в основном всегда (технически я полагаю, что вам не нужно, но вы должны) устанавливать приложение Superuser вместе с suдвоичным файлом. Единственной целью Superuser является управление тем, какие приложения разрешено повышать до root, а какие нет. Поведение по умолчанию заключается в том, что Superuser будет запрашивать вас всякий раз, когда новое приложение пытается выполнить вызов su, и вы можете разрешить или запретить его, используя запрос. Это может сохранить ваши решения, так что вам не будет предложено более одного раза для одного и того же приложения, но вы можете удалить эти сохраненные данные со страницы настроек Superuser. Он также предоставляет средство просмотра журнала, которое отслеживает, когда suосуществляется доступ и какими приложениями.
Сложность в том, что многие новые вредоносные приложения будут использовать эксплойт для получения корневого доступа, а не просто пытаться позвонить su. На самом деле вы ничего не можете с этим поделать, кроме того, что будьте осторожны с тем, что вы устанавливаете и откуда вы устанавливаете приложения, поскольку они даже не используются suс самого начала. Однако, чтобы ответить непосредственно на ваш вопрос, Superuser может легко управлять приложениями, которым требуется законный root-доступ, как описано выше.
Если у вас есть root-права, но у вас нет Superuser, то, я думаю, вы сможете просто установить его с Маркета.